Dabartinė Kapčiamiesčio gyvenvietė pradėjo formuotis XVI a. pradžioje.
Lietuvos didysis kunigaikštis Žygimantas Augustas Senasis savo raštininkui, Pervalko valdytojui, stačiatikiui Sidorui Kapočiui padovanojo girios plotą, čia jis įkūrė dvarą ir prie jo pradėjo formuotis kaimas. Jis pagal ano meto tradiciją pavadintas dvaro įkūrėjo pavarde – Kopčiwsk, vėliau tapusiu Kopciovo, o dar vėliau – Kapčiamiesčiu.
Vėliau šį dvarą, kartu ir Justinavo bei nemažai kitų apylinkėse buvusių kaimų valdė Trakų pilininkas Mikalojus Pranciškus Oginskis Kazokietis (apie 1651 / 1663 –1715), Marcijonas Mykolas Oginskis (1672–1750) ir keletas kitų Oginskių. Kapčiamiesčio dvaras yra priklausęs ir Vilniaus vyskupui Jokūbui Masalskiui, prancūzui Zinievui, grafams Tiškevičiams, pulkininkui Šlentynui, Ablamavičiui, Moravskiui.
1724 m. gyvenvietėje Mikalojus Oginskis pastatė viešą koplyčią. 1744 m. rašytiniuose šaltiniuose ji vadinama Beržininko parapijos filija. Jokūbo Masalskio laikais buvo įkurta Kapčiamiesčio parapija.
1777 m. pradėjo veikti Kapčiamiesčio parapijinė mokykla.
XVII a. pab. prie Baltosios Ančios buvo pastatyta geležies kalimo dirbtuvė, kurioje iš vietinės rūdos gamindavo geležį, o iš jos kaldavo noragus. Prie dirbtuvių buvo įrengta turbina, panaši į vandens malūną. Dumples kilnodavo vanduo. Tuo metu Lietuvoje tai buvo vienintelė hidraulinė metalo apdirbimo įmonė.
XIX a. pr. – 1941 m. Kapčiamiestis buvo to paties pavadinimo Seinų apskrities valsčiaus centras.
1824 m. kunigaikščio Tado Antano Oginskio rūpesčiu pastatyta medinė Kapčiamiesčio Dievo Apvaizdos katalikų bažnyčia. Spėjama, kad ji pastatyta ant buvusio piliakalnio (kapčiaus), kurio viršūnė yra kiek nukasta.
XVIII a. Kapčiamiestis priklausė Oginskiams.
18 a. Kapčiamiestis ir aplinkiniai dvarai atiteko Mikalojui Oginskiui, kuris 1724 m. Kapčiamiestyje pastatė medinę koplyčią. Parapijos teises Kapčiamiesčiui suteikė Vilniaus vyskupas J. Masalskis. 1824 m. Oginskiai pastatė medinę bažnyčią.
XIX amžiuje Kapčiamiestyje buvo vario, o Justinavo dvare – ketaus fabrikėliai. Nepriklausomybės kovų su lenkais metu Kapčiamiestis priklausė vadinamajai neutraliajai zonai. Lazdijų rajono Kapčiamiesčio apylinkės taryba ir viršaitis 1995-06-01 reorganizuota į Lazdijų rajono savivaldybės Kapčiamiesčio seniūniją.
1827 m. Kapčiamiestyje buvo 176 gyventojai, 1883 m. – 925, 1895 m. – 926, 1923 m. – 835, 1959 m. – 828, 1977 m. – 700, 1979 m. – 744, 1985 m.– 677, 1989 m. – 719, 2001 m. – 691, 2005 m. – 727, 2011 m. – 589 gyventojai.
1831 m. Kapčiamiesčio senosiose kapinėse palaidota 1831 m. sukilimo lietuviško pulko I kuopos vadė grafaitė Emilija Pliaterytė (1806–1831). Jos amžinojo poilsio vietoje pastatytas paminklas. Miestelyje veikia E. Pliaterytės muziejus.
1863 m. Kapčiamiestyje veikė vario gamykla, o greta buvusiame Justinavo dvare – ketaus gamykla. 1863 m. gyvenvietėje buvo kalami ginklai sukilėliams. Prie Kapčiamiesčio įvyko rusų kariuomenės dalinių ir Suzino vadovaujamų sukilėlių susirėmimai.
Nuo XVIII a. pab. iki XX a. pr. Kapčiamiestyje veikė metalo dirbinių įmonė.
XIX a. per miestelį ėjo svarbūs prekybiniai keliai.
1908 m. gyvenvietėje duris atvėrė pradinė mokykla.
Kapčiamiestyje prieš Pirmąjį pasaulinį karą, klebonaujant M. Guogai, bažnyčioje buvo įvesta lietuvių kalba. Kapčiamiesčio lietuvybės apaštalu laikomas prelatas Matas Dabrila.
Pirmojo pasaulinio karo metais prie Kapčiamiesčio vyko dideli rusų ir vokiečių kariuomenių susirėmimai.
1918 m. Kapčiamiestyje buvo sudaryta lietuviško valsčiaus savivaldybė.
1920 m. rugsėjo 23 d. prie Kapčiamiesčio Lietuvos kariuomenė dalyvavo mūšyje su lenkais ir patyrė pralaimėjimą.
1922 m. Kapčiamiestyje dar tebeveikė sena (apie 200 metų senumo) geležies apdirbimo įmonė.
1939 m. gyvenvietėje pradėjo veikti biblioteka. Tais metais Kapčiamiesčio parapijoje buvo 5 307 katalikai.
1945–1949 m. Kapčiamiestyje veikė progimnazija, 1949–2000 m. – vidurinė mokykla, kuri 2000 m. reorganizuota į Kapčiamiesčio Emilijos Pliaterytės pagrindinę mokyklą.
1939 m. rugpjūčio mėnesį, pasirašius Ribentropo-Molotovo paktą, Kapčiamiestis, kaip ir visa kita Lietuvos teritorija, pateko į Vokietijos įtakos zoną, o 1939 m. rugsėjo pabaigoje, pasirašius papildomą „draugystės“ sutartį, beveik visa Lietuva pateko Sovietų Sąjungos įtakos zonon, o Kapčiamiestis (taip pat, kaip ir Liudvinavas, Vilkaviškis) liko vokiečių zonoje. Vėliau šias žemes atpirko Stalinas.
Antrojo pasaulinio karo metais Kapčiamiestis buvo labai nuniokotas.
1941–1950 m. Kapčiamiestis buvo to paties pavadinimo Lazdijų apskrities valsčiaus centras.
1950–1959 m. Kapčiamiestis buvo to paties pavadinimo Veisiejų rajono apylinkės centras.
1959–1995 m. Kapčiamiestis buvo Lazdijų rajono apylinkės centras.
1945–1949 m. sovietinė valdžia iš Kapčiamiesčio ištrėmė 33 gyventojus.
Pokario metais Kapčiamiesčio apylinkėse veikė Dainavos apygardos Šarūno rinktinė.
1948 m. gyvenvietėje pradėjo veikti kultūros namai, felčerių punktas.
1950–1992 m. Kapčiamiestis buvo to paties pavadinimo kolūkio centrinė gyvenvietė.
1956 m. pastatyta medinė Kapčiamiesčio Dievo Apvaizdos katalikų bažnyčia.
1976 m. Kapčiamiestyje pradėti organizuoti Česlovo Sasnausko chorų festivaliai.
2006 m. patvirtintas Kapčiamiesčio herbas.
Pagal literatūros šaltinius parengė Danutė Mukienė